Auñamenditik hegoalderantz Nafarroako Erresuma mendetako independentziaren hondar urte garratzak bizi ari zelarik, hiru zutabe gisa euskalduntasuna, abertzaletasuna eta misiolari lana izanen zituen mutikoa jaio zen. Muga gatazkatsu batean izan zen, Xabier izeneko herrian, hainbat hizkuntzalarik antzineko Esaberri (Etxeberria) toki izena atzematen duten inguruan hain zuzen. Hots, Nafarroa Garaiko ekialdean, Zankoza ondoan, Aragoi ibaitik hagitz hurbil.
1512 ezaguna baino sei urte lehenago jaiotzeak betikotz markatu zion bizitza, garai hartako nafar orori bezala. Izan ere, bortz bat urte bertzerik ez zuenean bere familia Gaztelako inbasoreen aurka borrokan tinko aritu zen eta adibide ezin garbiagoa da Amaiurren parte hartu izana. Horren tikia izanik, aita eta anaiak izan ziren Gaztelaren aurka armak erabili zituztenak, baina haurra izaiteak gudaz baztertu bazuen ere, hori ez zen nahikoa izan Gaztelako agintariek etsaitzat har ez zezaten. Eta amarekin alde egin behar izan zuen, bizitzaren salbatzekotz.
Aita Juan Jatsu baitzen, Xabierren nafar erregearen gaztelua zaintzen zuen jauna, bai, baina batez ere nafar erresumako Kanpo Harremanetarakotz arduradun gorena. Eta ama Maria Azpilkueta, nafar gizartean pertsonaia handia hau ere. Bertzaldean zirelarik, euskal erbestean eta nafar erresistentzia militarrean murgildurik, Cisneros kardenalak gaztelua tikitu zuen. Okupazio militarreko buruzagiek, halaber, Jatsu Azpilkueta familiaren atxiloketa agindua sinatu zuten, espainiarrek menperatzen zuten Nafarroa Garaiarat noizbait gerturatuz gero preso hartzekotz. Horren ondorioz, Frantzisko gaztea ez zen inoiz Auñamendiz hegoalderanzko Nafarroarat itzuliko.
Guda galdurik, hemeretzi urte zituela Pariserat joan zen, ikasketen egiterat. Urte batzuk berantago, 1537, apez bilakatu zen. Lau urte pasa ondoren Portugalek hedatzen zituen Indiako kolonietan lanean ari zen, misiolari gisa. Japoniarat hurbiltzen saiatu izana ere zenbaitetan aipatu da, erdiespen handirik eskuratu ez arren. Laster, Txinarat zihoala gaisotu eta hil zen, 1552. urtean. Berrogeita sei urte zuen.
Frantziskoren bizitza gogorrean aipatzen ohi den bertze ardatz eraginkorra bere euskalduntasuna izaiten da. Euskal semea, lagun eta apezen arteko hainbat eskutitzetan euskaldun izaitea azpimarratzea atsegin baitzitzaion. Ama hizkuntza euskara zuen eta hori zen gehien estimatzen zuena, baita ahal zuen guzietan erabiltzen saiatzen zena ere. Hil bezain laster, halere, errealitate hau izkutatzen saiatu ziren, erdaltzaleek faltsifikazio historikoa gauzatuz. Honela, Georg Schurhammer ikerlariak 1947an gazteleraz argitaratu zuenez, “Las traducciones antiguas latinas (hots, 1596tik) cambiaron muchas veces el texto de las cartas de San Francisco Javier. Un ejemplo, Cochin el 15 de enero de 1544: “y como ellos no me entendiessen, ni yo a ellos, por ser su lengua natural malavar y la mía bizcaina”. Así lo tienen todos los manuscritos y todas las versiones anteriores al año 1596. En este año Tursellino en su traducción latina tradujo “bizcaina” con “hispanice” y Cutillas que le sigue tiene: “por ser su lengua malavar, y la mía española”.